2015年1月1日，出租汽车司机吴某被公安局罚款500元并扣车，吴某当场缴纳了罚款。2月8日，公安局提出只要吴某再交1000元保证金就可以将出租车返还给吴某，吴某认为违法而未交保证金。吴某向法院起诉后，3月6日法院以证据不足为由撤销了公安局的罚款和扣车决定。依据《国有赔偿法》，对于吴某的损失，应如何进行赔偿？