实施“知识创新工程”时期，中国科学院进行了科技布局调整，以进一步提升和凝练创新目标，新组建了中国科学院数学与系统科学研究院，该院由原数学研究所、（）、系统科学研究所、计算数学与科学工程计算研究所整合而成。